細菌基因組重測序
技術簡介
細菌基因組重測序是對已有參考基因組信息的細菌進行基因組水平的再測序，并對個體或者群體樣品進行生物信息學分析，能夠分析近源菌種之間的單核苷酸多態(tài)性 (SNPs) 、插入 (Insertion) 、缺失 (Deletion) 、拷貝數(shù)變異 (CNV)等基因組水平變異類型，為篩選菌株的優(yōu)良性狀，菌株抗藥性等研究提供指導與依據(jù)。
技術路線
送樣建議
| 濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | 基因組完整性 |
| ≥50 ng/μL | ≥30 μL | ≥20 μg | DNA 無降解 |
技術參數(shù)
| 細菌重測序 | 測序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 |
300bp 小片段文庫HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 45個自然日 |
案例分析
細菌全基因組重測序闡述引起大腸桿菌自發(fā)突變的因制[1]
研究背景
完全了解一個進化過程需要自發(fā)突變率，光譜識別以及物種特征三個因素。根據(jù)累積突變可以計算出每一代基因組的突變率。
研究目的
通過全基因組重測序技術研究進化過程中自發(fā)突變效應影響。
研究結(jié)果
在三株大不相同的不同僅僅達到 50%，這也就說明了每一代基因組中的突變率是 1–2×10?3 。四個因素決定了自發(fā)突變的發(fā)生：自身 DNA 聚合酶缺陷，內(nèi)源性誘導 DNA 損傷，外源性藥物誘導 DNA 損傷，易錯聚合酶激活
圖1. DNA修復缺陷的大腸桿菌堿基替換率
參考文獻
[1]Foster, P. L., Lee, H., Popodi, E., Townes, J. P. & Tang, H. Determinants of spontaneous mutation in the bacterium Escherichia coli as revealed by whole-genome sequencing. Proc Natl Acad Sci U S A 112, E5990-5999, doi:10.1073/pnas.1512136112 (2015).
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