人全外顯子組測序
技術(shù)簡介
全外顯子組測序是對人類個體的血液或組織進行全外顯子組水平的測序，并對個體或者群體樣本進行生物信息學(xué)分析，能夠分析單核苷酸多態(tài)性 (SNPs)、插入、缺失 (InDel) 等外顯子水平變異類型，為篩選致病基因、易感基因和致病位點提供數(shù)據(jù)支持，且對研究發(fā)病致病機制提供可靠信息。
技術(shù)路線
送樣建議
| 文庫類型 | 濃度 (Qubit) | 體積 | 總量 | DNA 片段 |
| DNA小片段文庫 | ≥20ng/μL | ≥30μL | ≥1.0μg | DNA 無降解 |
技術(shù)參數(shù)
| 分析類型 | 測序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 |
| 全外顯子 | DNA 小片段文庫 HiSeq/NovaSeq PE150 | 100X | 40個自然日 |
案例分析
外顯子測序揭示12種癌癥類型遺傳易感性[1]
研究背景
研究人員很早就知道，患癌的風(fēng)險一小部分是可遺傳的，一些遺傳性基因錯誤在某些腫瘤中則沒那么重要。
研究目的
本研究對 4034 個癌癥患者（包括12 種癌癥類型）進行測序分析，探索癌癥遺傳易感性。
研究結(jié)果
在114 個已知與癌癥相關(guān)的基因中，他們發(fā)現(xiàn)了存在于所有 12 種癌癥類型中的一些罕見生殖系突變，但根據(jù)不同的癌癥類型它們的突變頻率各異。研究聚焦在一種叫做截斷 (truncation) 突變的類型上，因為大多數(shù)的截斷基因都不能發(fā)揮功能。研究人員還發(fā)現(xiàn)了在乳腺癌以外的一些腫瘤類型中， BRCA1 和BRCA2 基因中具有相當多數(shù)量的生殖系截斷突變，例如包括胃癌和前列腺癌。這表明這兩種基因有可能與其他的癌癥類型有關(guān)。研究人員調(diào)查了未知意義的 68 個 BRCA1 基因生殖系非截斷突變，結(jié)果發(fā)現(xiàn)有 6 個突變的行為像截斷突變，使得基因完全喪失功能。這些突變也富集于腫瘤中，這表明它們有可能在癌癥中發(fā)揮 了作用。
圖1. 多癌種間少量遺傳和體細胞突變情況
參考文獻
Lu Charles,Xie Mingchao,Wendl Michael C et al. Patterns and functional implications of rare germline variants across 12 cancer types.[J] .Nat Commun, 2015, 6: 10086.
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